Shqipëria ka një biodiversitet të pasur për shkak të pozicionit gjeografik me klimë mesdhetare, thyerje të larmishme të terrenit që afron malet të larta me detet, liqenet dhe lumenjtë.
Programi i Kombeve të Bashkuara (PNUD) në një inventar që i bëri Florës dhe Faunës në Shqipëri gjeti së fundmi se përafërsisht 32% e të gjithë florës evropiane është në Shqipëri.
Në Shqipëri ekzistojnë rreth 7233 grupe bimore dhe 5438 lloje të kafshëve të egra (përfshirë zogjtë, gjitarët, peshqit, insektet, etj).
3200 lloje bimësh janë kurative për enët e gjakut dhe 2,350 lloje të tjera për të tjera përdorime mjekësore dhe për ushqim. Shqipëria është një rrugë e rëndësishme migrimi për zogjtë. Përafërsisht 30% e florës evropiane dhe 42% e gjitarët evropianë ndodhen edhe në Shqipëri.
Gjithashtu ka 32 lloje bimore me 150 nëngrupe, të cilat janë endemike në Shqipëri (rriten vetëm në Shqipëri) dhe 160 lloje të tjera bimore të cilat janë nën-endemike në rajonin e Ballkanit. Shqipëria numëron 91 specie që kërcënohen nga zhdukja në rang global, ndër ta edhe Pelikani Kaçurrel.
Gjithashtu Shqipëria ka një numër të lartë racash autoktone bagëtish. Nga këto 9 raca autoktone janë në dhi dhe 5 në dele.
Në malësi ka më shumë se 5200 ha pyje natyrore me shumë se 200 vjeçare me vlerë të lartë për biodiversitetin. Kjo zonë është zona më e rëndësishme për hulumtime dhe burime gjenetike.
Shumëllojshmëria e ekosistemeve dhe habitateve (ekosistemet bregdetare dhe detare, ligatinat, deltat e lumenjve, dunat e rërës, liqene, lumenj, shkurre mesdhetare, pyje gjethe, pyje pishe, kullota subalpine dhe alpine, livadhe, dhe ekosistemet e larta malore) sigurojnë një shumëllojshmëri të bimëve dhe llojeve të kafshëve të egra.
Gjithashtu në Shqipëri ndodhen liqenet më të mëdha në Ballkan, me rëndësi ndërkombëtare, Si ai i Shkodrës, Ohrit dhe Prespës.
Sakaq në zonën bregdetare të Shqipërisë gjenden ligatinat si ato të: Karavastasë, Patoku, Viluni, Kune-Vaini, Orikumi, etj, me një sipërfaqe totale prej 150 km2. Ky terren thotë studimi krijon kushtet ideale për rritjen e specieve të lashta endemike dhe nën-endemike.